Cenário: Um página com masterpage, updatepanel na masterpage, e na subpage outro updatepanel.
Situação: Quando é feito post na subpage precisa atualiza o updatepanel da masterpage.
Porque: Neste post é atualizado valores de controles da masterpage que precisão ser exibidos
((UpdatePanel)Master.FindControl("updatePanelMaster")).Update();
Nota: Se seu updatepanel é muito pesado, (+ de 5 quilos de controles), recomendo fazer po javascript como já demonstrado aqui.